V roce 1664 bylo v Hradci Králové zřízeno biskupství. Farní kostel sv. Ducha se stal katedrálním chrámem, při kterém byla zřízena šestičlenná kanovnická kapitula. Město nabylo barokní tvářnosti stavební aktivitou biskupa a Jezuitů. Přizvali si na stavbu tehdejší vynikající architekty (Lurago, Santini). A tak na náměstí vyrostla monumentální stavba chrámu Nanebevzetí Panny Marie s přilehlou jezuitskou kolejí, biskupská rezidence, vznosná kaple sv. Klimenta, nový morový sloup a v místech bývalého hradu seminární kostel sv. Jana Nepomuckého.

K dalšímu stavebnímu vývoji nedošlo pro válku o rakouské dědictví a válku sedmiletou. Žalostný osud města dovršil požár roku 1762, kdy téměř polovina města podlehla ohni, který založili současně na několika místech pruští vetřelci. Pruské vpády do země přinutily Josefa II., jako spoluvladaře Marie Terezie, k rozhodnutí, vybudovat z Hradce Králové vojenskou pevnost. Stavbě pevnosti, prováděné s přestávkou v letech 1766 až 1789, musela ustoupit obě předměstí. Obyvatelstvo bylo vystěhováno za vnější okraj inundační oblasti pevnosti, do nově založených obcí Nového Hradce Králové, Kuklen, Farářství a Pouchova. Soustavu hradeb doplňovaly účelové budovy, z nichž některé se zachovaly dodnes. Germanizace, kterou přinesla vláda Josefa II., dala městu zevní německý ráz. Vlastenecká tradice však žila ve městě od dob Bohuslava Balbína a matematika Stanislava Vydry, kteří se oba v Hradci Králové narodili. V první polovině 19. století, v době českého národního obrození, se město slavně zapsalo do historie.

 Kulturní a společenský život obrozeneckého Hradce se tehdy soustřeďoval kolem čtyř institucí: divadla, gymnázia, semináře a nakladatelství s knihkupectvím Jana Hostivíta Pospíšila. Tento významný vlastenecký nakladatel stál v čele nadšené družiny, kterou tvořili dramatik Václav Kliment Klicpera, profesor Jozef Chmela, kněz Josef Liboslav Ziegler a jejich přátelé, kteří žili v kraji a s nimiž byli hradečtí buditelé ve spojení. Však také Pospíšilův dům hostil vlastence z celé země (např. Hanku, Rettigovou), mezi nimiž nechyběli ani Ludevít Štúr a Jozef Miloslav Hurban ze Slovenska. Na hradeckém gymnasiu tehdy studovali Václav Hanka, Josef Jaroslav Langer, Josef Kajetán Tyl, Karel Jaromír Erben, František Škroup a další. V divadle "U zlatého orla" se hrála česká představení, která organizoval Václav Kliment Klicpera. Roku 1848 se i v Hradci Králové utvořila Národní garda, jejíž prapor namaloval Josef Mánes. Bachův absolutismus sice na čas zlomil národní rozkvět, ale šedesátá léta jsou opět obdobím rozvoje českého živlu ve městě. Zásluhu o to měli František Cyril Kampelík, lékař v Kuklenách, Kristian Stefan, přítel Boženy Němcové a dopisovatel České včely a podnikatel Václav František Červený, zakladatel slavné hradecké továrny na hudební nástroje.